以α-亚麻酸为母体的ω-3有多种重要的生理功能：以α-亚麻酸为母体的ω-3多不饱和脂肪酸的保健功效和医疗作用的生理功能可大致归纳为：

（1）ω-3多不饱和脂肪酸是身体组织结构中的一部分：如DHA大脑和视网膜的主要成分，约占活体大脑总重量的10%，在大脑中管学习的海马细胞中占25%，DHA还是构成视网膜的重要成分，占到视网膜的30~60%。

（2）ω-3可抑制ω-6多不饱和脂肪酸代谢生成的不利于身体的活性物质：ω-3在身体内代谢可抑制ω-6多不饱和脂肪酸代谢生成的不利于身体的活性物质代之生成利于身体的活性物质。细胞膜基质的磷脂成分中包含的ω-3和ω-6多不饱和脂肪酸，需要相同的酶作用下代谢产生多种不同的活性物质，在这些代谢过程中因需要相同的酶而产生竞争。ω-3对这些酶的亲和性强于ω-6，只要ω-3的适量存在（为ω-6的四分之一到五分之一）就可抑制许多由于ω-6多不饱和脂肪酸过量而引起炎症等疾病的生物活性物质，与此同时，ω-3多不饱和脂肪酸在相同酶的催化下，产生的是对身体有利的活性物质。ω-3中的EPA还可控制促使肿瘤生长的活性物质“法奇非洛克因子”的活动，从而抑制癌细胞，对癌症有辅助治疗作用。

（3）ω-3可以抑制或促进一些酶的活性：生命活动最基本的特征是新陈代谢，新陈代谢中的每一个反应都是在酶催化下完成的。反应进行时都是要反应的底物先与酶结合，在酶的催化下才能转变为产物。酶被称为生物催化剂，没有酶身体就无法进行新陈代谢。ω-3多不饱和脂肪酸的许多生理作用是通过抑制或促进一些酶的活性而发挥作用的。如降甘油三酯，ω-3可以抑制甘油三酯合成酶的活性來减少甘油三酯的合成；通过活化使甘油三酯分解代谢的酶和使脂肪酸β-氧化降解的酶，就可以有助于降低甘油三酯。为降低胆固醇，可以通过抑制胆固醇合成所需要的酶抑制胆固醇的合成；通过活化使胆固醇去除和转移的酶，降低胆固醇。

（4）ω-3可改善生物膜的流动性：细胞膜的基质是由各种脂肪酸为主要成分的磷脂构成的。ω-3多不饱和脂肪酸作为膜基质的成员可改善生物膜的流动性。细胞膜的流动性对于细胞代谢来说，有着非常重要的作用。有足够量的多不饱和脂肪酸，才能使细胞膜的流动性适中，使细胞膜具有很高的灵活性和敏感性，才能维持细胞正常的新陈代谢，维持细胞的生理机能、治疗细胞的病理状况。

（5）ω-3可以增强人体的免疫功能：ω-3通过对免疫系统的细胞调节，激活人体内的巨噬细胞，增强人体的免疫功能、影响基因的转录和表达、细胞信号传导途径，尤其是通过脂类介质、蛋白激酶C和Ca2+动员第二信使等有关的途径，影响细胞的功能，达到预防和治疗的目的。

虽然ω-3和ω-6两者同为必需脂肪酸，但ω-３的α-亚麻酸、EPA和DHA具有抗炎症、抑过敏、健脑明目、防治心血管疾病、增强人体免疫力和防癌抗癌的功效，但富含ω-3多不饱和脂肪酸的食物来源较少，有必要注意补充；而ω-6适当则有益，多则有害，必须靠ω-3来抵消。富含ω-6多不饱和脂肪酸由于食物来源丰富，容易获取，因为大多数植物油富含亚油酸，如玉米胚芽油、棉籽油、燕麦油、芝麻油、大豆油红、花籽油、葵花籽油等，甚至谷物中也含有ω-6，需要防止ω-6摄入过量。

多不饱和脂肪酸中的ω-6系列和ω-3系列对人体代谢和生理作用十分重要，如ω-３系列的多不饱和脂肪酸中的α-亚麻酸（ALA，十八碳三烯酸）、EPA（二十碳五烯酸）、DHA（二十二碳六烯酸）和ω-６系列的多不饱和脂肪酸中的亚油酸（LA，十八碳而烯酸）和花生四烯酸（AA，二十碳四烯酸）等，特别是ω-3和ω-6的代谢产物：白三烯、前列腺素，血栓素等都有重要的生理功能。如α-亚麻酸能够降低空腹及餐后的甘油三酯，降解血栓，使血流顺畅，可使血压降低，抑制癌变的发生，消除亚油酸摄取过量病症，还具有改善过敏性皮炎、花粉症、气管哮喘等疾病的作用。富含α-亚麻酸的食物有紫苏油、亚麻籽油、黑加仑籽油、核桃油、大豆油等，天然存在的α-亚麻酸绝大部分都是以甘油三酯的食用油形式存在。